曹州教案，亦称巨野教案，发生于1897年（光绪二十三年）11月1日，山东省曹州府巨野县（今菏泽市巨野县麒麟镇磨盘张庄）的天主教堂2名在教堂内的德国圣言会神甫能方济和韩理加略被大刀会暴徒杀害。
巨野教案发生在张家庄（今磨盘张庄），薛田资是张家庄的本堂神甫，另外两位传教士能方济和韩理加略来探望他。薛田资是这样描述此事：在午夜上床睡觉前，传教士们进行诸圣节的安魂曲弥撒练习。薛田资把房间让给了客人过夜，自己搬进了一个空着的搬运工房间。传教士们认为这个地方很安全，没有采取任何防备措施，薛田资也没有锁上房门。传教士们睡觉后不久，20到30名暴徒闯进教堂，他们打破能方济和韩理加略住房的门并杀害两人。两名受害者被发现时已经有多处刺伤，在午夜前为主殉道。暴徒搜寻薛田资，但没有找到，当地的中国教友来到现场时，暴徒逃跑了。
11月7日，正在汉口的德国驻华公使海靖照会总理衙门，要求清政府“急速设法保护住山东德国人性命财产”，并“暂且先望设法严惩滋事之人，为德国人伸冤”。8日，清政府出使德国大臣许景澄致电总理衙门：“报称山东杀毙教士二人，此信若确，海使必借词要索，应否预告外部已赶紧查办，顺致措词，稍占先着”。9日，山东巡抚李秉衡电告总理衙门：巨野发生杀毙教士事件，已“批饬该县勒缉凶盗，务获究办，并悬赏通饬缉拿在案”。10日，清廷发布谕旨：“著速派司道大员驰往该处，根究起衅情形，务将凶盗拿获惩办。……现在德国方图借海口，此等事适足为借口之资，恐生他衅”。11日，李秉衡派委臬司毓贤、兖沂道锡良驰往查办。12日，清廷又发布上谕：“著先将该县知县摘顶勒缉，毋任迁延”。为迅速破案，减免责罚，巨野知县许廷瑞会同毓贤、锡良在数日之内，捕获民众约50余人，一部分很快被释放，一部分人则被严刑拷打致死或死于传染病，剩余的9人招供，7人被判罪，其中惠二哑巴与雷协身被杀，另外5人被判无期徒刑。
清政府虽然采取了“保教”、“惩凶”等措施，企图以此取得谅解，但德国借口巨野教案，派兵舰于11月14日登陆，占领了胶州湾。与此同时，德国又使用外交手段给清廷施加压力。11月20日，德国公使海靖照会总理衙门，提出六项要求：一、山东巡抚李秉衡应革职，永不叙用。二、安治泰正在济宁建造教堂，中国应许赔银建造，并赐立匾额，须有保护教堂教士之意。三、在山东德国教士被戕劫之案，所有盗犯应拿获惩办，如有绅士官员等在此案内，应格外加重办理；教士所受之亏，应全行赔偿。四、中国应许特保嗣后永无此等事件。五、山东省如建造铁路，中国先准德国商人承办；如有铁路就近开矿之事，亦应先准德国商人承办。六、德国办理此案所费之银，由中国赔偿。
清政府为了迅速了结该教案，以促使德国撤兵，12月7日，由总理衙门照复德方，内容为：一、“山东巡抚李秉衡应革职，永不叙用”一条，删去“永不叙用”，改为不可任大官之意。二、中国允给正在建造中的济宁教堂工料银6.6万两，匾额用“敕建天主堂”五字，并将结案奏牍立碑教堂门外，以为保护之证。三、中国允于曹州城内及巨野县各建教堂一所，一切工料照济宁教堂办法，每处各给银6.6万两，地基约为10亩，官为指拨。在巨野、菏泽、曹县、单县、成武、郓城、鱼台七县境内，各建教士住房一所，共给银2.4万两。教士所失之款，另偿银3000两。四、由中国皇帝明发谕旨，饬地方官照约尽力保护教堂教士。五、山东省铺设铁路，开采铁路附近之矿，中国先准德商承办，或华商、德商合办。六、赔偿问题，应俟胶澳德兵撤退后另案商办。
经反复交涉，在德方租借胶澳的要求基本满足的情况下，双方于1898年1月15日互换议结巨野教案的照会。是日，清政府明发上谕，宣布将开缺四川总督前山东巡抚李秉衡、兖沂道锡良、曹州镇总兵万本华、曹州知府邵承照等“交部议处”；巨野知县许廷瑞革职，寿张知县庄洪烈查参，济宁、菏泽、单县、成武等州县官分别撤调；并“著地方官严行禁戢，实力保护教会”。2月1日，清廷又发布上谕：李秉衡著降二级调用；调任道员锡良，撤任总兵万本华，知府邵承照均著革职留任，并仍著山东巡抚张汝梅实力保护教会。

薛田资著作《孔子之乡》中描绘曹州教案的图画

薛田资

能方济

韩理加略

能方济神甫的血衣

巨野教案遗址